在我國，增值稅實行的是稅款抵扣制度，按《增值稅暫行條例》規定，一般納稅企業當期應納的增值稅為當期銷項稅額抵扣當期進項稅額后的余額。在會計實務上，當期可以抵扣的進項稅額在“應交稅金——應交增值稅（進項稅額）”賬戶反映。但在實際中，已購進貨物（已入賬）進項稅額有些不能從當期銷項稅額中抵扣，應將其從“應交稅金——應交增值稅（進項稅額）”賬戶中轉出，在“應交稅金——應交增值稅（進項稅額轉出）”賬戶反映。由于不能抵扣的進項稅額的發生情況不同，在會計上的處理也就不同。介紹幾種增值稅不能抵扣稅款的會計處理方法：
一、貨物在購進或儲存中發生的非正常損失，其進項稅額的會計處理
非正常財產損失是指企業在生產經營過程中正常損耗外的損失，包括：（1）自然災害損失；（2）因管理不善造成貨物被盜竊，發生霉爛變質等損失；（3）其他非正常損失。
按稅法規定，非正常損失部分貨物的進項稅額不得從銷項稅額中抵扣，在會計處理上，應作轉出處理。一般的做法是：
借：待處理財產損溢
貸：應交稅金——應交增值稅（進項稅額轉出）
待查明原因后，將“待處理財產損溢”賬戶的金額轉入“營業外支出——非常損失”等賬戶。
例：某商業批發企業在財產清查中，發現短少商品10萬元（無稅成本），轉入“待處理財產損溢”賬戶待決。經查明，該批商品為倉庫保管員保管不善丟失。責成倉庫保管員賠償1萬元，保險公司賠償1萬元，非常損失9.7萬元。經有關單位批準處理，會計分錄如下：
（1）待轉處理時：
借：待處理財產損益11.7萬
貸：庫存商品10萬
應交稅金——應交增值稅（進項稅額轉出）1.7萬
（2）收回保險公司和過失人賠款時：
借：銀行存款（或現金）2萬
貸：待處理財產損益2萬
（3）處理非常損失時；
借：營業外支出——非常損失9.7萬
貸：待處理財產損溢9.7萬
二、商品削價損失進項稅額的會計處理
商品削價是指商品因市場行情變化，季節變化或商品本身質量、性能的自然變化等原因，而對其實行的減價銷售。有些商品在削價后，售價低于原進價，形成削價損失。這樣就會出現削價商品收取的銷項稅額不足以抵補購進該商品進項稅額的部分。
根據稅法規定，其不足以抵補的進項稅額不能以其他銷售商品收取的銷項稅額抵扣，其稅額應轉出。其會計處理為：
借：管理費用
貸：應交稅金——應交增值稅（進項稅額轉出）
例：某商品零售企業（采用進價金額核算）購進商品一批，其不含稅進價為8000元，進項稅額1360元，當即以存款支付。商品購進不久，因市場行情變化，該批商品全部削價，以7000元售出，另收取銷項稅額1190元，款已存入銀行（該企業未設“商品采購”賬戶）。會計分錄為：
（1）購進商品時
借：庫存商品8000
應交稅金——應交增值稅（進項稅額）1360
貸：銀行存款9360
（2）以7000元售出時
借：銀行存款8190
貸：商品銷售收入7000
應交稅金-應交增值稅（銷項稅額）1190
（3）結轉商品銷售成本
借：商品銷售成本8000
貸：庫存商品8000
（4）轉出不能抵扣的進項稅額
借：管理費用170
貸：應交稅金——應交增值稅（進項稅額轉出）170
三、出口貨物不能抵扣進項稅額的會計處理
出口貨物不能抵扣進項稅額，是指我國有些企業在出口某些貨物時，可以享受國家稅收優惠政策，其出口貨物耗用的購進貨物所負擔的進項稅額全部（如出口免稅不退稅的商品）或部分（如享受免、抵、退稅政策優惠的商品，根據規定計算不予抵扣或退稅的部分），其進項稅額不予抵扣或退稅，而應轉出，其會計處理為：
借：商品銷售成本（或其他科目）
貸：應交稅金——應交增值稅（進項稅額轉出）
例：某企業為有進出口經營權的工業生產企業（該企業享受免、抵、退稅政策優惠），購進用于出口產品的原材料，價款為200萬元，進項稅額34萬元。貨款以銀行存款支付。材料已入庫，并投入生產。生產的產品出口后，其離岸價格為350萬元，按規定不予免、抵、退的增值稅為28萬元，6萬元為可用內銷產品的應納稅額抵扣。其會計分錄為：
（1）購進材料付款、入庫時：
借：材料采購200萬
應交稅金——應交增值稅（進項稅額）34萬
貸：銀行存款234萬
借：原材料200萬
貸：材料采購200萬
（2）產品出口后，抵扣或不可抵扣稅額的處理：
借：產品銷售成本28萬
貸：應交稅金——應交增值稅（進項稅額轉出）28萬
借：應交稅金——應交增值稅（出口抵減內銷產品應納稅額）6萬
貸：應交稅金——應交增值稅（出口退稅）6萬
信息來源：中稅網
