盡管會計報表附注可以通過靈活的披露方式豐富財務報告所提供信息的數量和內容，使其提供的信息更加完整和全面，但會計報表附注仍存在著無法彌補的局限性。
（1）由于直觀性不強，只有經過仔細研究才容易理解。
（2）與報表中高度概括的數量信息相比，注釋中過多采用文字，會對用戶的判斷和分析帶來不便，甚至會產生誤導。
（3）由于市場環境的變化、公司業務的發展，會計人員往往難以把握究竟哪些項目、事項或業務需要注釋，在理論上也存在分歧，也就使充分披露原則和重要性原則在運用上有一定的困難。
（4）會計報表注釋不像報表本身數據那樣，在列示、陳述上限制性較強，它具有較大的彈性，因而往往會有濫用注釋的情況。在我國，近些年來上市公司年報注釋中的避重就輕、注而不釋以及釋不解惑，不乏其例。