代理報關委托協議可以撤銷，但必須由境內貨物收發貨人用戶進行操作。
企業可以通過“委托狀態查詢”功能，查找“2 委托協議可報關”狀態下的委托協議，點擊“明細”按鈕后，對某份委托協議進行撤銷操作。境內貨物收發貨人用戶發起委托協議撤銷操作后，同樣需要委托對方的報關單位用戶確認方可生效。當委托雙方的“電子委托關系書”超期時，系統將自動撤銷狀態為“0委托發起待確認”、“1委托確認已發海關”和“2委托協議可報關”下的委托協議，“5委托協議海關已用”狀態下的協議，將繼續保留。