目前稅單支付只支持新一代電子支付和柜臺支付兩種模式，稅單電子信息會推送至新一代電子支付系統。通過“單一窗口”或“互聯網+海關”平臺支付的均為新一代電子支付。對于一票稅單，企業只能選擇新一代電子支付系統、柜臺支付這兩種方式之一（可避免重復繳稅）。

新一代電子支付系統均為在線支付方式。同一份報關單項下的稅單，只能選擇一種在線支付方式，即一份報關單下有一票稅單使用新一代電子支付方式支付的，則其余稅單也必須使用新一代電子支付。但是，柜臺支付的優先級高于在線支付，一份報關單項下有稅單已進行在線支付的，剩余稅單仍可轉柜臺支付；一份報關單項下稅單已進行柜臺支付的，則剩余稅單不再允許進行在線支付。